الرئيسية
الأحداث
المنشورات
أحدث الصور
التسجيل
دخول
سارة3عضو متميز
- عدد المساهمات : 1445
النقاط : 3856
خيوط تؤدي الى عيب خلقي شائع وجدت في بيانات التعبير الجيني
الأربعاء فبراير 08, 2012 1:31 am
باحثون في مستشفى MassGeneral للأطفال (MGHfC)، كشفت مختبر جاكسون والمعاهد الأخرى 27 الجينات مرشح جديد لحجابي خلقي فتق (CDH)، وهو عيب خلقي شائع وقاتل في كثير من الأحيان. تلك متطورة للبيانات تصفية استراتيجية، والذي يستخدم التعبير الجيني أثناء التطور الطبيعي كنقطة انطلاق، ويقدم مقاربة جديدة وفعالة ويحتمل أن تكون لعبة التغير إلى اكتشاف الجين. الأطفال الذين يولدون مع CDH - يمثل واحدا في كل ولادة حية 3000 - لديهم ثقب في الحجاب الحاجز الذي يفصل تجويف البطن من تجويف الصدر ، وربما يموتون بسبب ضعف النمو في الرئة. باتريشيا K. دوناهو، دكتوراه، مدير مختبرات بحوث جراحة الأطفال في MGHfC، وأوضح: "يمكن ان تكون ثابتة وهذا الثقب جراحيا إذا كان قد تم تشخيص CDH في الوقت المناسب، ولكن عملية جراحية حتى لا لا إنقاذ للتنمية الرضع الرئة المتضررة، والذي غالبا ما يؤدي إلى مضاعفات في الجهاز التنفسي القاتلة ". المرضى الذين البقاء على قيد الحياة حتى سن البلوغ "تميل إلى أن لديهم الكثير من القضايا الصحية الجارية،" لاحظت. دوناهو وزملاؤها Meaghan روسل، دكتوراه، وماورو Longoni، دكتوراه في الطب، وجاكسون مختبر البروفيسور كارول J. Bult، دكتوراه .، في علم الأحياء الحسابي، قاد فريق البحث، التي نشرت في دورية الاكاديمية الوطنية للعلوم . وكان الفريق هدفين: لتحديد الجينات وشبكات الجينات التي تسبب ثقب في الحجاب الحاجز من أجل تطوير وسائل التشخيص الجديدة والعلاجات الوقائية، ومعرفة المزيد عن مدى صحة الرئتين تشكيل لتعزيز التنمية الرئة في المرضى الرضع بعد الجراحة. Bult ولها جاكسون زميل جولي ويلز، دكتوراه، ولدت ملامح التعبير الجيني - لقطات من نشاط الجينات - لأغشية الفأر الجنينية في مراحل متعددة من التنمية. باستخدام خوارزميات تصميمه من قبل فريق JAX-MGH، استخدموا هذه البيانات للتنبؤ ثم الجينات المحتمل أن تساهم في عيوب الحجاب الحاجز. Bult قال "طلبنا الجينات التي في البيانات المتوفرة لدينا التنموية يحدد العمل معا في الممرات المشتركة، والتي تحتوي على هذه المسارات كانت تعرف سابقا الجينات CDH من الدراسات الإنسانية ونماذج الماوس؟ " استخدم الباحثون لبناء شبكات الجينات، وجينوم الفأر المعلوماتية قاعدة البيانات (MGI) الموارد التي يوجد مقرها في مختبر جاكسون. MGI، متاحة مجانا للمجتمع البحوث، ويحافظ على مجموعة شاملة من المعلومات الفأر الوراثية والجينية. تحديد استراتيجية والباحثين ترشيح 27 مرشحا جديدا لجينات CDH. عندما المحققين فحص أغشية من الفئران خروج المغلوب في واحدة من هذه الجينات مرشح - قبل-B خلية سرطان الدم عامل النسخ 1 أو Pbx1 - وجدوا العيوب حجابي لم يبلغ عنها سابقا، مؤكدا على التنبؤ. والخطوة التالية في هذا المشروع هو لفحص المرضى لطفرات في Pbx1 باستخدام مجموعة من البيانات المريض CDH والحمض النووي الذي MGHfC وبوسطن للأطفال مستشفى تراكمت على مدى سنوات وذلك بالتعاون مع المستشفيات من جميع أنحاء العالم. وأفادت البحوث في ورقة يفتح الباب "ليس فقط إلى مزيد من البحث لاستكشاف الآثار من جهة أخرى 26 الجينات مرشح CDH "، وقال Bult"، ولكن. لمرض تحديد الجينات وتحديد الأولويات الاستراتيجية لCDH، وهو نهج يمكن أن تمتد إلى غيرها من الأمراض والتشوهات التنموية "
النص بالإنكليزي
Clues To Common Birth Defect Found In Gene Expression Data
Researchers at MassGeneral Hospital for Children (MGHfC), The Jackson Laboratory and other institutes have uncovered 27 new candidate genes for congenital diaphragmatic hernia (CDH), a common and often deadly birth defect.
Their sophisticated data-filtering strategy, which uses gene expression during normal development as a starting point, offers a new, efficient and potentially game-changing approach to gene discovery.
Babies born with CDH - representing one in every 3,000 live births - have a hole in the diaphragm that separates the abdominal cavity from the chest cavity, and may die due to poor growth of the lung.
Patricia K. Donahoe, M.D., director of the Pediatric Surgical Research Laboratories at MGHfC, explained, "That hole can be fixed surgically if CDH has been diagnosed in time. But even surgery does not rescue the infants' impaired lung development, which often leads to fatal respiratory complications." Patients who survive into adulthood "tend to have a lot of ongoing health issues," she noted.
Donahoe and her colleagues Meaghan Russell, Ph.D., and Mauro Longoni, M.D., and Jackson Laboratory Professor Carol J. Bult, Ph.D., a computational biologist, led the research, published in the Proceedings of the National Academy of Sciences. The team had two goals: to identify the genes and gene networks that cause the hole in the diaphragm in order to develop new diagnostics and preventive treatments, and to learn more about how healthy lungs form to boost lung development in post-operative infant patients.
Bult and her Jackson colleague Julie Wells, Ph.D., generated gene expression profiles - snapshots of gene activity - for embryonic mouse diaphragms at multiple stages of development. Using algorithms designed by the JAX-MGH team, they used these data to then predict genes likely to contribute to diaphragm defects.
Bult said, "We asked which genes in our developmental data sets work together in common pathways, and which of these pathways contain previously known CDH genes from human studies and mouse models?"
To build gene networks, the researchers used the Mouse Genome Informatics (MGI) data base resource based at The Jackson Laboratory. MGI, freely available to the research community, maintains the most comprehensive collection of mouse genetic and genomic information.
The researchers' filtering strategy identified 27 new candidate genes for CDH. When the investigators examined the diaphragms of knockout mice for one of these candidate genes - pre-B cell leukemia transcription factor 1 or Pbx1 - they found previously unreported diaphragmatic defects, confirming the prediction.
The next step in the project is to screen patients for mutations in Pbx1 using the collection of CDH patient data and DNA that MGHfC and Children's Hospital Boston have been accumulating for years in collaboration with hospitals from around the world.
The research reported in the paper opens the door "not only to further research to explore the effects of the other 26 CDH candidate genes," Bult said, "but to a disease gene identification and prioritization strategy for CDH, an approach that can be extended to other diseases and developmental anomalies."
النص بالإنكليزي
Clues To Common Birth Defect Found In Gene Expression Data
Researchers at MassGeneral Hospital for Children (MGHfC), The Jackson Laboratory and other institutes have uncovered 27 new candidate genes for congenital diaphragmatic hernia (CDH), a common and often deadly birth defect.
Their sophisticated data-filtering strategy, which uses gene expression during normal development as a starting point, offers a new, efficient and potentially game-changing approach to gene discovery.
Babies born with CDH - representing one in every 3,000 live births - have a hole in the diaphragm that separates the abdominal cavity from the chest cavity, and may die due to poor growth of the lung.
Patricia K. Donahoe, M.D., director of the Pediatric Surgical Research Laboratories at MGHfC, explained, "That hole can be fixed surgically if CDH has been diagnosed in time. But even surgery does not rescue the infants' impaired lung development, which often leads to fatal respiratory complications." Patients who survive into adulthood "tend to have a lot of ongoing health issues," she noted.
Donahoe and her colleagues Meaghan Russell, Ph.D., and Mauro Longoni, M.D., and Jackson Laboratory Professor Carol J. Bult, Ph.D., a computational biologist, led the research, published in the Proceedings of the National Academy of Sciences. The team had two goals: to identify the genes and gene networks that cause the hole in the diaphragm in order to develop new diagnostics and preventive treatments, and to learn more about how healthy lungs form to boost lung development in post-operative infant patients.
Bult and her Jackson colleague Julie Wells, Ph.D., generated gene expression profiles - snapshots of gene activity - for embryonic mouse diaphragms at multiple stages of development. Using algorithms designed by the JAX-MGH team, they used these data to then predict genes likely to contribute to diaphragm defects.
Bult said, "We asked which genes in our developmental data sets work together in common pathways, and which of these pathways contain previously known CDH genes from human studies and mouse models?"
To build gene networks, the researchers used the Mouse Genome Informatics (MGI) data base resource based at The Jackson Laboratory. MGI, freely available to the research community, maintains the most comprehensive collection of mouse genetic and genomic information.
The researchers' filtering strategy identified 27 new candidate genes for CDH. When the investigators examined the diaphragms of knockout mice for one of these candidate genes - pre-B cell leukemia transcription factor 1 or Pbx1 - they found previously unreported diaphragmatic defects, confirming the prediction.
The next step in the project is to screen patients for mutations in Pbx1 using the collection of CDH patient data and DNA that MGHfC and Children's Hospital Boston have been accumulating for years in collaboration with hospitals from around the world.
The research reported in the paper opens the door "not only to further research to explore the effects of the other 26 CDH candidate genes," Bult said, "but to a disease gene identification and prioritization strategy for CDH, an approach that can be extended to other diseases and developmental anomalies."
صلاحيات هذا المنتدى:
لاتستطيع الرد على المواضيع في هذا المنتدى